これからライブラリー調製に使用するDNAを準備します。 DNaseによる分解を防ぐために、EDTAを含む溶液中にDNAを保存してもよいでしょうか？ DNA断片化に使用するKAPAFrag酵素はEDTAの影響を受けるとのことですが、 キットに付属しているConditioning Solutionを使用すれば問題ないでしょうか？

Conditioning Solution はKAPAFrag酵素を活性化させることで、EDTAによる酵素活性の抑制効果を打ち消す仕様になっていますので、EDTA濃度に対して適切な濃度のConditioning Solutionを使用することが重要となってきます。
しかしこの特性上、インプットDNA量を調整する際などに、サンプルごとにEDTAの最終濃度がばらつきますと、
Conditioning Solutionの適切な濃度も変わってしまうため、断片化サイズのバラつきに影響致します。
もしも可能であれば、DNAの保存溶液にはEDTAは使用せずに、DNAを抽出したらすぐにライブラリー調製に
ご使用いただくことをお勧めします。
また、EDTAを含む溶液でDNAを保存した場合、Conditioning Solutionを使用するよりも、DNAサンプルを
あらかじめ磁気ビーズ精製などでクリーンアップし、EDTAを除去いただくことをお勧めしております。
このように、もしも可能でしたら、Conditioning Solutionを使用しないことで、結果的に断片化サイズが安定致します。