RPAプライマーの長さと、得られるアンプリコンのサイズの最適値を教えてください。

プライマーは30～35ヌクレオチド長が推奨です。
アンプリコン長の80 bp以上が求められ、理想は100～200 bpです。
その他推奨条件は、以下に記載いたします。

 

■プライマー条件
・30～35ヌクレオチド長
・GC含量は40%～60%
・長いホモポリマーのトラックを含まない
・直列反復配列、逆反復配列、パリンドローム（回文配列）などが少ない
・アンプリコン長の理想は100～200 bp
・プローブを使用する場合、Forward Primerは、5 bp Probeと重ねる。うまくワークしない場合は、5 bpずつずらしていく
　対してReverese PrimerはProbeと重ねてはいけない

 

詳細については、TwistAmp®シリーズマニュアル - 補足資料(Appendix)をご参照ください。