KAPA Library Quantification Kitを用いてライブラリーを定量したとこころ、バイオアナライザーで測定した濃度と値が異なりました。どちらが正しいのでしょうか？

濃度に違いがみられる原因として、アダプター付加が不完全なライブラリーが多かった可能性がございます。

Bioanalyzerでは、測定範囲内の全てのDNAが濃度として加算されてしまうのに対し、KAPA Library Quantification Kitを用いたqPCRでは完全なライブラリーのみが増幅されるため、実際のシーケンスのRunに必要なライブラリー量を正確に定量する事が可能です。

よって、qPCRの結果から得られた濃度を算出してシーケンスを行っていただければ問題ありません。