SeqCap EZ (リシークエンシング)

SeqCap EZ ヒューマン エクソーム ライブラリー v3.0 & Plus(SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 & Plus)

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概要 お気軽にお問い合わせください

SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 は、
ヒトゲノム中の 64Mbの網羅的な全エクソン領域 (エクソーム)を選択的に抽出・濃縮するための試薬です。


SeqCap EZ Human Exome Plus Library は、
SeqCap EZ Human Exome Library v3.0がターゲットとしている 全エクソン領域(エクソーム)に、200Mbまでの任意のヒトゲノム領域 を加えた総計 264 Mb までの領域を選択的に抽出・濃縮するためのセミカスタム試薬です。


製品の特徴

・網羅的にエクソームをカバー!:
SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 は、HG19 を元にヒト全エクソン合計 64 Mb がカバーされるよう設計されています。CCDS (April 2011) の 99.8 %、RefSeq (June 2011) の 98.36 %、miRBase (v15) の 98.67 %、Ensembl (v63) の 98.99 % の他、Vega (v42) の 97%、Gencode (v3c) の97 % がカバーされるよう設計され、他社製品と比較して最も網羅的にエクソームをカバーしています。本製品のターゲット領域は、SeqCap EZ Human Exome Library v2.0 のターゲット領域の全てを含んでいます。



・効率化を追求したプローブ設計!
本製品は初期バージョンである v1.0 、次バージョンである v2.0 からさらに改良を重ねて開発された製品です。 v1.0 ではシークエンスリードが均一的に得られるような NimbleGen 独自の最適化アルゴリズムが採用され、v2.0 では実験結果に基づきプローブが選抜・再配分されました。v3.0 (本製品) ではプローブの再配分を更に進め、より均一的なシークエンシングが得られるよう設計されています。

この結果、SeqCap EZ Human Exome Library v2.0 と比較してターゲットサイズは44 Mb から 64 Mbと大幅に増強していますが、シークエンシング必要量を微増に抑えることに成功しています。実際、マップされたリードデータの約 4 Gb から、ターゲット領域の 90 % の塩基が 10x 以上でカバーされるデータが得られています。



・効率的にSNPを検出!
SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 は、様々な経験に基づくプローブ設計アルゴリズムを用いることで、均一的なシークエンスカバレージが得られるように設計しています。その結果、変異を効率的に検出することが可能です。

下図は、NA12762 のゲノムサンプルを用いて 3 回の独立したキャプチャー実験を行い、Illumina HiSeq 2x100 bp でシークエンシングを行った結果を示しています。SOAP パッケージを用いて最少カバレージ (n = 4)、ベースコール品質 (Q20) というフィルタリングパラメーターで、SNP を同定しました。SeqCap EZ Human Exome +UTR Library は、ターゲットサイズが他社製の 全ヒトエクソーム系の製品と比較して 24 % 大きく( 64 Mb 対 50 Mb )(図A)、ほぼ同量のシークエンシング量で(図B)、31 % 以上多くの SNP を検出しています(図C)。

ターゲット領域

SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 のターゲット領域をご確認いただくには、 こちら から圧縮ファイルをダウンロードすることができます。これらのファイルは、最初に設定したターゲット領域と、プローブ設計結果領域の位置情報を保存した ファイルです。UCSC ゲノムブラウザなどこれらのファイルを読み込むと視覚的にご確認いただくことができます。方法については、こちら の5ページをご参照ください。

・SeqCap_EZ_Exome_v3.bed

BED 意味
track name=target_region, description="Target Regions" シークエンス目的領域(プローブの設計を試みたインプット領域)
track name=tiled_region, description="NimbleGen Tiled Regions" プローブでカバーされる領域


・SeqCap_EZ_Exome_v3.gff

GFF 意味
primary_target_region シークエンス目的領域(プローブの設計を試みたインプット領域)
capture_target プローブでカバーされる領域

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様 お気軽にお問い合わせください

製品構成

・SeqCap EZ Library
・CD/DVD

 

保存温度

-15℃~-25℃

 

備考

・ 価格は予定なしに変更することがございます。
・ 「梱包単位」はハイブリダイゼーションを実施できる回数で表示されています。マルチプレックス(インデックス)の利用状況などにより処理できるサンプル数は変動します。(「マルチプレックスキャプチャーとは?」 をご参照ください)

製品カタログお気軽にお問い合わせください

SeqCap EZ HyperCap Workflow for Target Enrichment/英語
公開日:2016年10月04日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.77 MB
ダウンロード

取扱説明書お気軽にお問い合わせください

SeqCap EZ HyperCap Workflow User's Guide/英語
公開日:2016年07月13日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:1.94 MB
ダウンロード

FAQお気軽にお問い合わせください

調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

オーダー情報

在庫有り(6個以上) 在庫わずか(1~5個) お問い合わせください 受注発注品 別途送料請求あり 在庫無くなり次第販売中止 販売中止 返品不可
CatNo. 概要 単位 価格 在庫
06465684001 SeqCap EZ Human Exome Library v3.0
ターゲットサイズ 64Mb
64Mbの網羅的エクソーム(hg19)
4反応 ¥482,000
06465692001 SeqCap EZ Human Exome Library v3.0
ターゲットサイズ 64Mb
64Mbの網羅的エクソーム(hg19)
48反応 ¥2,890,000
SeqCap EZ Human Exome Plus
06740189001 SeqCap EZ Human Exome Plus Library
ターゲットサイズ 最大264Mb
Exome v3に最大200Mbまでの任意の領域を加えたセミカスタム品(hg19)
12反応 ¥1,710,000
06740235001 SeqCap EZ Human Exome Plus Library
ターゲットサイズ 最大264Mb
Exome v3に最大200Mbまでの任意の領域を加えたセミカスタム品(hg19)
48反応 ¥4,280,000
06740243001 SeqCap EZ Human Exome Plus Library
ターゲットサイズ 最大264Mb
Exome v3に最大200Mbまでの任意の領域を加えたセミカスタム品(hg19)
96反応 ¥6,850,000

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