SeqCap RNA (トランスクリプトーム解析)

SeqCap RNA デベロッパー エンリッチメントキット(SeqCap RNA Developer Enrichment Kit)

試薬 >> 次世代シーケンス(NGS)関連試薬 >> SeqCap RNA (トランスクリプトーム解析)

  • 製品概要
  • 仕様
  • 技術資料
  • FAQ

概要 お気軽にお問い合わせください

SeqCap RNA Developer Enrichment Kitは、
ターゲットトランスクリプトーム解析のために 任意の200Mbまでの領域をエンリッチメントするためのプローブプール試薬です。

 

◆設計済みデザインをご利用の場合
SeqCap RNA Developer Enrichment Kit の各梱包サイズの製品番号に、リファレンス番号またはデザイン名を添えてご注文ください。

◆新規デザインをご利用の場合
リファレンス配列 のデータと、その中での位置情報をお知らせください。
ターゲット領域は 総計200Mb までの領域を指定してください。


 

 

実験ワークフロー


シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

  • ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキットは実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時に SeqCap Adapter Kit B をご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程でSeqCap HE-Oligo Kit Bが別途必要となります。
  • SeqCap RNA システムでは、プレプール(予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施)することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットはハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

  • 定量性を維持したまま研究対象の転写産物を特異的にエンリッチ!
    SeqCap RNA プローブは、ゲノム上のターゲット領域(遺伝子または転写産物)に対して設計、合成されます。ハイブリダイゼーションにより、ターゲットの転写産物を選択的にエンリッチメントします。ERCC(External RNA Controls Consortium)スパイクインコントロールを用いた実験により、このエンリッチメント工程を加えても転写産物の定量性が維持されることが示されています。
  • シークエンスリードの浪費を抑え、プレプール法を活用することで解析コストを飛躍的に削減!
    標準的な RNA シークエンシング(RNA-Seq)では大多数のリードが少数の遺伝子サブセットに由来してしまうという根本的な問題点がありますが、SeqCap RNA によりシークエンシングデータを特定の遺伝子群にフォーカスさせることで、ターゲット領域に対するカバレージを向上させることができます。また、SeqCap RNA はプレプール法に対応していますので、より多くのサンプルを処理したり、データをより迅速に得たりすることが可能です。
  • シークエンスデータ量に対する満足度!
    RNA-Seq より大きなディスカバリーパワーをもち、特に低発現転写産物の検出感度が高い効率的な試薬システムです。

    図1 ヒト腎臓由来の total RNA から検出された lncRNA アイソフォームの数をプロットしています。この実験では、RNA-Seq の 20M のデータと SeqCap RNA での 1M のデータで、ほぼ同数のアイソフォームが検出されています。

    図2 SeqCap RNA、RNA-Seq のそれぞれ 20M リードから同定されたヒト腎臓由来の total RNA 中の lncRNA アイソフォームの数を、それぞれの FPKM スレッシュホールド毎にそれぞれ赤、青のバーで表示しています。特に低発現域で SeqCap RNA の検出感度が優れていることが示されました。

 

備考

・価格は予定なしに変更することがございます。
・「梱包単位」はハイブリダイゼーションを実施できる回数で表示されています。マルチプレックス(インデックス)の利用状況などにより処理できるサンプル数は変動します。(「マルチプレックスキャプチャーとは?」 をご参照ください)

 

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様 お気軽にお問い合わせください

製品構成

・SeqCap RNA Developer Enrichment 用 プローブプール溶液
・CD/DVD

 

保存温度

-15℃~-25℃

FAQお気軽にお問い合わせください

調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

オーダー情報

在庫有り(6個以上) 在庫わずか(1~5個) お問い合わせください 受注発注品 別途送料請求あり 在庫無くなり次第販売中止 販売中止 返品不可
CatNo. 概要 単位 価格 在庫
07279213001 SeqCap RNA Developer Enrichment Kit
ターゲットサイズ ヒトおよびヒト以外の生物種の任意の200Mbまでの領域
12反応 ¥1,000,000
07279221001 SeqCap RNA Developer Enrichment Kit
ターゲットサイズ ヒトおよびヒト以外の生物種の任意の200Mbまでの領域
48反応 ¥3,640,000
07279230001 SeqCap RNA Developer Enrichment Kit
ターゲットサイズ ヒトおよびヒト以外の生物種の任意の200Mbまでの領域
384反応 ¥25,700,000

この商品を見た人は、他にもこの商品を見ています。

ページの先頭へ戻る

Copyright(C) NIPPON Genetics Co, Ltd All Rights Reserved.