NGSライブラリー調製キット(LP Kit)

NGSライブラリー調製(LP) RNA-Seq Kit (for illumina)(KAPA Stranded RNA/mRNA-Seq Kit (for illumina))

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概要 お気軽にお問い合わせください

GCリッチなトランスクリプトのカバー率を向上
GCリッチなトランスクリプトのカバー率を向上

特長

100ng-4μg Total RNAからストランド特異的なライブラリーを調整
・最適なmRNAキャプチャー・ビーズが付属
(キャプチャー・ビーズなしのStranded RNA-Seq Kitもご用意しています)
エンジニア酵素により増幅バイアスを低減し、GCリッチ或いは低発現な遺伝子におけるシークエンスカバー率を向上
独自の”With-Beads"プロトコールで、A-テーリングおよびライゲーションの反応効率とライブラリーDNAの回収率を向上


より難しいトランスクリプトのシークエンスを可能に
●GCリッチなトランスクリプトのカバー率を改善
●同定できるエクソン領域を拡大

関連製品

FastGene Adapter Kit(イルミナ用)
●アダプター濃度が既知(30μM)のため、インプットサンプル量に応じたライゲーションの最適化が可能です
●KAPA Library Quantification Kitを用いてアダプター付加済みライブラリーDNAの定量を行うことで、製品のQCとしています

ロシュ社SeqCap実験用にRNA-Seq Kit をご使用されるお客様へ

2016年3月31日までロシュ・ダイアグノスティックス株式会社にて販売しておりましたライブラリー調製キットは、一部販売中止もしくは型番が変わり弊社にて販売しております。
詳しくはこちらのご案内をご覧ください。

仕様 お気軽にお問い合わせください

KAPA stranded RNA/mRNA-Seq Kit
【キット内容】
mRNAキャプチャー ビーズ
mRNAビーズ バインディングバッファー
mRNA ビーズ ウォッシュバッファー
RNaseフリー水
Fragment、Prime and Eluteバッファー
1st Strand Synthesisバッファー
KAPA Script
2nd Strand Makingバッファー
2nd Strand Synthesis酵素ミックス
A-テーリングバッファー
A-テーリング酵素
ライゲーションバッファー
DNAライゲース
PEG/NaCl SPRI溶液
ライブラリー増幅プライマーミックス
KAPA HiFi HotStart ReadyMix

※アダプターは含まれておりません。
※磁気ビーズ”AMPure XP”は含まれておりません。

※mRNAキャプチャービーズ付のキット(KK8420)にのみ付属しています


保存条件: -20℃
使用期限: ラベルに記載の期限まで(製造から8ヶ月)

の構成品
保存条件: 受け取り次第、2~8℃にて保管
使用期限: ラベルに記載の期限まで(製造から8ヶ月)

KAPA Adapter Kit(イルミナ用)
【仕様】
濃度 30μM
容量 24インデックス 各20μl (Index No. 1-16、18-23、25、27)

【保存条件】
●-20℃
※ご注意:性能に影響するため、氷上でご使用いただくなど、出来る限り室温より低い温度でお取り扱いください

製品カタログお気軽にお問い合わせください

KAPA Stranded mRNA-Seq Kit/日本語
公開日:2017年04月18日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:1.27 MB
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KAPA Stranded mRNA-Seq Kit/英語
公開日:2014年09月30日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.76 MB
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取扱説明書お気軽にお問い合わせください

KAPA Stranded mRNA-Seq Kit/英語
公開日:2017年02月21日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.26 MB
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KAPA Stranded RNA-Seq Kit/英語
公開日:2016年09月26日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.43 MB
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FastGene NGS Adapter Kit/日本語
公開日:2016年02月17日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.45 MB
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アプリノートお気軽にお問い合わせください

無脊椎動物由来トータルRNAからの de novo RNA-seq/日本語
公開日:2014年10月24日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.77 MB
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FAQお気軽にお問い合わせください

KAPA Stranded mRNA-Seq Kitに使用するRNAは、どのくらいの品質が必要でしょうか?
また、バイオアナライザーによりRNAの品質を確認しておくことは必要でしょうか?
Kapa社の見解としても、やはりインプットRNAの品質が高いほど、より多くの高品質なリードが得られるとのことです。
このため、サンプルの品質を確認しておくことは重要となります。
品質確認方法としては、バイオアナライザーでRINスコアをご確認されることをお勧めいたします。
どのくらいの品質が求められるか、という点については、どのくらい品質が落ちたデータまで許容できるか、に依存しますため、明確な基準が難しいのですが、Kapa社によりますと、ある程度の品質のデータを得るためには、少なくともRINスコア7.0以上を推奨するそうです。
また、RINスコアが7.0を下回った場合は、RNAの分解の程度が進んでいることを意味いたします。
この場合、mRNA精製ビーズ(オリゴdT-ビーズ)でキャプチャーできるpoly-Aテールを持つRNAの量が断片化で少なくなったり、キャプチャーしてもその先が短く断片化されていたりしますため、データ量を維持するにはインプット量を増やす必要が出てきます。
更に、2.0付近まで低下してしまうと、mRNA精製ビーズでは効果的にキャプチャーできなくなります。

フェノール抽出したRNAを用いる場合、キャリーオーバーコンタミネーションによって酵素反応に影響を与える物質には、どのようなものが予想されるでしょうか?
予想されるものとしては、フェノール、クロロフォルム、エタノールなどになります。
フェノールの持ち込みを回避する方法としては、フェノール抽出後に、再度AMPureXPや、RNACleanなどの市販のRNAクリーンナップキットで精製します。実際に、本キットをご使用のお客様にそのように追加精製されていらっしゃる方もいらっしゃいます。
ただし、2回精製を実施しますと、その分、サンプルのロスも発生しますので、ご注意ください。
AMPureXPで精製する場合には、極力ロスの割合を減らすため、2.2xの濃度(サンプル量の2.2倍量のAMPureXPを添加)で実施ください。
エタノールの残留も、酵素反応に影響しますが、エタノール洗浄後の残液を十分に除去すれば、通常はその後の10分間の乾燥ステップで問題ないレベルとなります。乾燥ステップの前に、遠心をして残液を除去すると効果的です。逆に過乾燥しますと、ビーズが破砕され、溶出後の回収率が落ちますので、ご注意ください。

トータルRNAの多くがrRNAで占められておりますが、本キットの逆転写ステップでは、rRNAは、問題にならないでしょうか?
本キットでは、最初のステップでmRNAのポリAに結合するmRNA精製ビーズでmRNAのみを回収するため、この時点でほとんどのrRNAは除去されています。(その後、ランダムプライマーで逆転写いたします。)
ですので、基本的にはrRNAは問題になりませんが、非特異的にRNA精製ビーズで回収される場合があるため、データとして出てくる可能性はございます。

プラットフォームとしてMiSeqを用い、75サイクルのランを予定しています。
本キットでは、Fragmentationの温度、時間によりライブラリーのインサートサイズを変更できるようですが、最適なサイズを教えてください。
もしもペアエンドで実施されるようでしたら、75x2=150bpとなりますので、リードの重複を避けるにはインサートサイズは150bp以上になるように設定いただいたほうが良いかと存じます。
この場合、94℃ 6minで実施いただければ、200-300bpに断片化されますので、ご検討ください。
(なお、元のRNAの状態により、最適化が必要な場合がございますので、ご了承ください。)

Illumina社のMiSeqまたはNextSeqで原核生物のStranded RNA-Seqの解析を行う際に使用できるライブラリ調製キットはどれですか?
原核生物のStranded RNA-SeqをIllumina社のMiSeqまたはNextSeqで行う場合、下記のライブラリ調製キットがご使用いただけます。

・KAPA Stranded RNA-Seq Kit 24反応分(KK8400)

原核生物の16S rRNAと23S rRNAの除去キットが付属しているキットはありますか?
大変恐縮ではございますが、原核生物の16S rRNAと23S rRNAの除去キットが付属しているキットのご用意はございません。
〈補足〉
KAPA Stranded RNA-Seq Kit with RiboErase 24反応分(KK8483)、96反応分(KK8484)のリボゾームRNA除去試薬(RiboErase)は、ヒト、マウス、ラット用です。

KAPA Stranded RNA-Seq Kitを用いて、他社rRNA除去キットを使用したサンプルからライブラリ調製が可能でしょうか。
他社キットでrRNA除去を行った後に、KAPA Stranded RNA-Seq Kitを用いてRNAのライブラリを調製することは可能でございます。
ただし、rRNA除去後のRNAは、10-400ngを、10uL以下のRNase-free waterで希釈していただく必要がございます。

お知らせお気軽にお問い合わせください

FastGene™ NGSアダプターキット販売中止のご案内/日本語
公開日:2017年04月03日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.15 MB
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オーダー情報

在庫有り(6個以上) 在庫わずか(1~5個) お問い合わせください 受注発注品 別途送料請求あり 在庫無くなり次第販売中止 販売中止 返品不可
CatNo. 旧型番 概要 単位 価格 在庫
KAPA Stranded mRNA-Seq Kit, with KAPA mRNA Capture Beads
KK8420 KAPA Stranded mRNA-Seq Kit / mRNAキャプチャビーズ付 24反応分 お問合せください
KK8421 KAPA Stranded mRNA-Seq Kit / mRNAキャプチャビーズ付
KK8420(24反応分)をお買い求めください
販売中止
96反応分 お問合せください
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