PCRクリーンアップ・ゲル抽出

Gel/PCR エクストラクションキット(FastGene Gel/PCR Extraction Kit)

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概要 お気軽にお問い合わせください

FastGene Gel/PCR Extraction Kit
FastGene Gel/PCR Extraction Kit
1キットで2つのアプリに対応
1キットで2つのアプリに対応

安心、安全な電気泳動用蛍光色素ミドリグリーンダイレクト、ミドリグリーンアドバンス(50ulパック)無償添付中!
遠心/吸引どちらも使用可能
PCR産物の精製、アガロースからのDNA抽出の両方に使用できます
ゲル断片の切り出しに便利な"ゲルバンドカッター"(※下記参照)が、5個付属しています。


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★お客様のブログに、生の声が掲載されています!
本キットに添付されているゲルカッターの使い方、使い勝手を分かりやすく写真付きで解説して頂いております。
実際に製品をお使いのお客様に喜んで頂き、弊社としても大変嬉しい限りです。
ご興味のある方は是非ご覧になってみてください。


ゲノ研】ゲルからのDNAの切出し

http://genomicsresearch.blogspot.jp/2014/01/dna.html?m=1

『わざわざバンドの四隅を慎重に狙ってメスで切っていく必要がなくなるため切り出し操作がとても早くなりDNAへのダメージが少なくなります。』
本製品は同じ大きさでゲルを切り出してくれるのでゲル断片ごとの重さのバラつきがなくなります。
切り出しを行う際にゲルの下にラップを敷いて行っている場合はラップを破いてしまうことが少ないのでイルミネーターを汚す機会が減ります。
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【関連製品のご紹介】
エチブロ代替 核酸染色試薬ミドリグリーンシリーズ
ゲルバンドカッター
デジカメ式ゲル撮影装置 FAS-Digi

仕様 お気軽にお問い合わせください

【仕様】
●シリカメンブレン法
●結合容量: 10ug
●DNA有効分離領域: 50bp-約10kbp
●溶出量: 20-50ul
●操作時間: 20分 (*ゲル切り出し、溶解時間は含みません)

【キット内容】
●ミドリグリーン・アドバンス 50ul
●ミドリグリーン・ダイレクト 50l
(ミドリグリーンシリーズの詳細はこちら
●FastGene GPカラム
●2mlコレクションチューブ
●結合バッファー GP1
●洗浄バッファー GP2 濃縮液
●溶出バッファー GP3
 (10mM Tris-Cl, pH8.5  *EDTAは含まれておりません)
●FastGene ゲルバンドカッター(5個) (ゲルバンドカッターの詳細はこちら

製品カタログお気軽にお問い合わせください

NGS_核酸精製カタログ/日本語
公開日:2017年05月09日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:1.44 MB
ダウンロード
FastGene_核酸精製キット/日本語
公開日:2017年04月14日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:1.26 MB
ダウンロード

取扱説明書お気軽にお問い合わせください

ミドリグリーンアドバンス/日本語
公開日:2016年09月27日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.25 MB
ダウンロード
ミドリグリーンダイレクト/日本語
公開日:2015年12月21日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.93 MB
ダウンロード
FastGene Gel/PCR Extraction/日本語
公開日:2013年11月03日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.92 MB
ダウンロード
FastGene Gel/PCR Extraction クイックガイド/日本語
公開日:2011年06月19日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.25 MB
ダウンロード

FAQお気軽にお問い合わせください

回収率が低いのですが、どのような点を確認すれば良いでしょうか?
原因として、以下の点をご確認ください。

1.バッファーGP2の調製が適切ではない
⇒適切な量のエタノール添加が重要です。
フロースルーをイソプロパノール沈殿し、全量を電気泳動でチェックしてDNAが確認された場合、
エタノールが適切に添加されていない可能性があります。

2.DNAの溶出が不十分
⇒サイズが大きい場合(目安:5kb以上)、溶出バッファーを70℃に加温しておくと溶出効率が向上する場合があります。

3.DNAの測定方法が適切ではない⇒特に吸光度測定の場合、必ず「溶出に用いたバッファー」をブランクにご使用ください。(実際に、他の市販キットのバッファーをブランクに用いたために、適切に測定できなかった事例がございました。)

4.キット保管中の劣化
キットはできるだけ「室温(15-25°C) にて湿気を避けて」保管ください。
特にメンブレンは湿度の影響で次第に劣化する可能性があります。(キットを冷蔵してしまうと室温使用時にメンブレン表面に結露が発生しますため、これを繰り返したメンブレンは劣化してしまいます。)
また、市販のキットに共通いたしますが、メンブレンやバッファーは、適切に保管されている場合でも、やはり製造後にゆっくりと性能が落ちて行きます。
ですので、少しでも高い回収率が必要となるアプリケーションの場合は、できるだけ新しいキットをご使用いただくことをお奨めいたします。

<PCR産物精製の場合>

5.バッファーGP1の量が適切ではない
⇒PCR産物量の5倍量のバッファーを添加し、十分にボルテックス混合してください。

<ゲル抽出の場合>

6.ゲルの溶解が不十分
 (質問2参照)

7.UV照射によるDNAの断片化
ゲル抽出前にバンドを確認する場合、ゲル撮影装置であまり長時間UVを照射しますと、
バンドが見えにくくなり、バンドからずれた位置でゲルを回収してしまったり、また、DNAがUVで断片化されることで、回収率が低下したり、ダウンストリームアプリケーションの結果に影響したりする可能性があります。
ゲル撮影には、UVイルミネーターよりも安全に検出することが可能なBlue/Green LEDイルミネーターの使用をお奨めいたします。
(Blue/Green LEDイルミネーターは日本ジェネティクスで取り扱っております。詳細はお問い合わせください。)

ゲルスライスが溶解し難いのですが、どのようにすれば良いでしょうか?
ゲル重量に対してバッファー量が多いほど、溶解しやすくなります。
ゲルスライスが大き過ぎたり(300mg以上)、ゲルの濃度が高かったりなどで、
ゲルが溶解しにくい場合は、結合バッファーGP1を増量し、2~3分間毎に転倒混和しながらインキュベートしてください。
ゲルが完全に溶解するまで結合バッファー量を増やします。
この場合、溶液量が多くなりますので、数回に分けてカラムにアプライするか、ゲルに含まれるDNA量が多い場合には、カラム2本に分けて使用してください。
ゲルの溶解が不十分になると回収率が低下するため、ゲルを十分に溶解させることが重要になります。

キット付属の溶出バッファーGP3*の代わりに蒸留水を用いて溶出することは可能でしょうか?
*バッファーGP3 : 10mM Tris-Cl, pH8.5
蒸留水でも溶出は可能です。
ただし、水にはバッファー作用がありませんので、pHが不安定で、特に酸性側に傾く可能性があります。
この場合、以下のようなリスクがあります。
 *カラムからの溶出効率が低下する
 *溶出後、保存中にDNAが劣化する
ですので、できるだけキット付属の溶出バッファーGP3をご使用いただくことをお勧めします。

50bpよりも大きなサイズの非特異産物が除去できずに困っています。
どうしたらいいでしょうか?
結合バッファーGP1を希釈することで、全体的な回収率も下がりますが、50bp~100bpのDNAフラグメントを取り除くことができるようになります。
詳細は本キットの取扱説明書10ページに掲載されているサポートプロトコルをご覧ください。

300prepについて教えてください。
溶液ボトルは100prepのが3本入っているのでしょうか。
それとも、100prepより大きなボトルに溶液が1本ずつ入っているのでしょうか。
100prep より大きなボトルに溶液が1本ずつ入っています。

FastGene Gel/PCR Extractionキットに関して確認したいことがあります。
Midori Greenという色素を添付してもらえるとのことですが、この切り出しキットはEtBrなど他のDNA染色色素で染色したゲルからの切り出しにも使えるのでしょうか?
またMidori Greenは紫外光でも使用可能とのことですが、紫外光を当てると緑に光るのですか。
FastGene Gel/PCR Extractionキットですが、エチジウムブロマイドなどのDNA染色試薬で染色したアガロースゲルからの切り出しにも問題なくご使用いただけます。

また、MidoriGreenAdvanceキットに含まれている染色色素はは、おっしゃるとおりにUVイルミネーターでも励起されます。その蛍光波長は530nm付近ですので、緑色になります。
(もしもSYBRGreenI用ファイルターをお持ちでしたら、そちらをご使用いただいた方が、より高感度に検出が可能となります。)

回収率ですが、TAEゲルからの切り出しで、TBEゲルと同じようにGP2で2回洗浄すると、回収率に影響はありますか?
本キットに限らず、一般的に、市販の核酸精製キットの場合、洗浄回数を増やすことで
純度は向上しますが、回収率は低下いたします。
本キットで2回洗浄した場合も、ある程度回収率は低下する可能性がございますが、
大幅に回収率が落ちてしまう、ということはないかと存じます。

<補足>
TBEの場合は、TBEバッファー成分中の残留成分が、ダウンストリームに影響する可能性が
あるため、本キットでは、2回洗浄をお奨めしております。
(TAEの場合ではその可能性が低いため、1回洗浄をお奨めしております。)
なお、大変恐縮ながら、実際に1回洗浄と2回洗浄での比較検証は実施しておりません。
大変申し訳ございません。
しかしながら、実際に本キットでTBEでの2回洗浄を実施されているお客様は
多くいらっしゃいますが、現在までのところ、2回洗浄による回収率の低下が問題に
なったとのご報告はいただいておりません。
何卒ご安心ください。

最後のカラムからの抽出で、GP3を20μLと少なめにしたので、2回カラムを通したのですが、回収率はどのぐらい低下しますか?
50μlx1回と比較して、20μlx2回ではどのくらい回収率が低下するか、との
ご質問になりますでしょうか。
こちらも実際に検証しておりませんので(また、サンプル条件にも依存しますため)、
正直なところ、大変難しいご質問になります。
50μlx1回と、20μlx1回では、原理上は、50μlのほうが回収率は高くなると
予想されます。
また、20μlx1回と、20μlx2回では、20μlx2回のほうが若干回収率が
向上する可能性がございます。
しかしながら、最終溶出後にメンブレンに残存してしまうデッドボリュームは、
50μl溶出でも、20μlでも変わりませんので、例えば20μlx2回で濃縮した場合は、
デッドボリューム中でロスするDNA量も多くなる可能性がございます。

この度は、明確な回答が出来ず、大変申し訳ございません。
大変恐れ入りますが、もしもご不安でしたら、実際のサンプルで、あらかじめ
比較テストいただく方法は可能でしょうか。
その場合、テスト用サンプルをご用意できますので、お知らせください。

PCR産物を本キットを使用して精製した場合、最後の溶出バッファーGP3で溶出した溶液をそのままシーケンス解析に出していいのでしょうか?エタノール沈殿等の処理を挟んだ方がよいでしょうか?
基本的に、溶出バッファーGP3で溶出した溶液をそのままサイクルシーケンス反応のテンプレートとしてご使用いただけます。
なお、GP3バッファーの組成は下記のとおりですので、念のためご確認ください。

●溶出バッファー GP3 : 10mM Tris-Cl, pH8.5
(*EDTAは含まれておりません)

1)本品で精製した後、DNAの吸光度測定は可能でしょうか?
2)また、この後の酵素反応(相同組換え反応)を阻害することはないでしょうか?
1)可能となります。
その際は、必ず溶出に用いたバッファーをブランクにご使用ください。
(プロトコールどおりGP3バッファーを溶出に用いられましたら、
GP3バッファーをブランクにご使用ください。)

2)基本的には、酵素反応を阻害することはないかと存じます。
なお、溶出バッファーGP3の組成は下記のとおりですので、念のためご確認いただけますでしょうか?

●溶出バッファー GP3 : 10mM Tris-Cl, pH8.5 (*EDTAは含まれておりません)

アガロース電気泳動後、40%エタノールなどを含む特殊な染色方法でゲルを染色しました。
この後、このキットで問題なくDNAをゲル抽出可能でしょうか?
本キットは、一般的なTAEおよびTBEアガロースゲルからのDNA回収を想定して開発されておりますため、
それ以外の条件については検証されておりません。大変申し訳ございません。
キットの開発において、上記のアガロースゲル(2.5%以下)300mg以下を、500uLの結合バッファーで溶解した条件で、50bp以上のDNAが効率的に結合するように、バッファー組成が最適化されております。
(このため、取扱説明書5ページの仕様に、ゲルの抽出で”2.5%TAEまたはTBE”と記載させていただいております。)
このため、ゲルの成分組成の条件によっては、過剰に結合したり、逆に結合しにくくなったりする可能性が考えられます。

また、DNAがアガロースポリマーに固定化してしまっている、バッファー条件が異なることでゲルが溶解されにくくなった、などの場合も、回収が難しくなる可能性がございます。

なお、本キットは、市販されている他社のシリカメンブレン法によるスピンキットと原理的には
ほとんど同じですので、他社キットで回収できる場合には、基本的には本キットでも回収できる
可能性がございます。

こちらの製品は、制限酵素処理溶液中からのDNA抽出(精製)にも、使用できますか?
ご使用いただける可能性はございますが、恐れながら、実際に検証しておりません。大変申し訳ございません。
念のために、事前に検証用DNAサンプル等でご確認いただけますようお願い申し上げます。

(補足のご説明)
本キットは、一般的なTAEおよびTBEアガロースゲルからのDNA回収、およびPCR反応溶液からのRCR産物の精製を想定して開発されておりますため、それ以外の条件については実際には検証されておりません。大変申し訳ございません。

キットの開発において、PCR反応液に対し、結合バッファーを1:5の割合で混合いただいたときに、50bp以上のDNAが効率的に結合するように、バッファー組成が最適化されております。
このため、制限酵素反応液の組成や目的とされているDNAのサイズによっては、回収率が低下する可能性が考えられます。

なお、本キットは、市販されている他社のシリカメンブレン法によるスピンキットと原理的にはほとんど同じですので、他社キットで回収できる場合には、基本的には本キットでも回収できる可能性がございます。

法規制について教えてください。
(1) 組換えタンパクが含まれているどうか?
・組換えタンパクが含まれている場合、カルタヘナ法に該当するか
・組換えタンパクが含まれている場合でカルタヘナ法に該当しない場合、タンパクの作成方法はなにか?(大腸菌由来、CHO由来、or その他)

(2) BSL2に該当するか?(該当の場合は該当物質名)

(3) 毒物・劇物・特定化学物質に該当するか?(該当の場合は該当物質名)
(1) 本製品には組み換えタンパクは含まれておりません
(2) 該当いたしません。
(3) 該当いたしません。

標準のアガロース(低融点ではなく)を用いて作製したゲルを用いて
電気泳動したサンプルの精製にも使用可能ですか?
はい、標準のアガロースを用いて作製したゲルを用いて
電気泳動したサンプルの精製にも使用可能です。

抽出の過程で、ゲルの切片を完全に溶解するまで55℃で10-15分間インキュベートするため、
低融点のアガロースでなくても、溶解し、精製することが可能です。

このとき、アガロースの濃度は、<2.5%、ゲル切片の重さは最大で300mgを推奨しています。

もしも標準アガロースで、アガロースの濃度が高かったり(2.5%<)
大きいゲル切片(300mg以上)などの理由で溶解し難い場合には、
ゲル切片を何個かにわけてそれぞれ精製するか、溶かす結合バッファー(GP1)の量を多くし、
800uLずつ何回かに分けてカラムに添加して遠心してください。

洗浄バッファーGP2は、プラスミドミニキット FastGene Plasmid Mini Kit中のmP5や他の自作バッファーで代用することは可能でしょうか?
大変恐縮ではございますが、洗浄バッファーGP2は、FastGene™ ゲル /PCR 抽出キット用に
調整されているバッファーのため、他のキットのバッファーで代用することはできません。
また、組成に関しても、企業秘密のため公開しておりません。

MSDSお気軽にお問い合わせください

Gel/PCR Extraction Kit/英語
公開日:2011年07月21日
ファイル形式:pdf
ファイルサイズ:0.06 MB
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オーダー情報

在庫有り(6個以上) 在庫わずか(1~5個) お問い合わせください 受注発注品 別途送料請求あり 在庫無くなり次第販売中止 販売中止 返品不可
CatNo. 概要 単位 価格 在庫
FG-94602 トライアルキット FastGene Gel/PCR Extraction 4preps ¥1,300
FG-91202 FastGene Gel/PCR Extraction 100preps ¥13,000
FG-91302 FastGene Gel/PCR Extraction 300preps ¥25,000
単品販売(バッファー)
SG-401-0080FG GP1 Buffer 80mL 80mL ¥8,000
SG-401-0200FG GP1 Buffer 200mL 200mL ¥16,500
SG-305-0025FG GP2 Buffer 25mL 25mL ¥1,200
SG-305-0040FG GP2 Buffer 40mL 40mL ¥1,900

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